医療費控除は年末調整では受けられない｜10月からの準備チェックリスト

10月から11月にかけて、会社から年末調整の書類が配られます。「今年は通院が多かったから、年末調整で医療費も出せば戻ってくるはず」と考える方は少なくありません。

結論から言うと、医療費控除は年末調整では受けられず、会社員でも自分で確定申告（還付申告）をする必要があります。そのかわり、申告は翌年1月1日から始められ、5年間さかのぼって出すこともできます。年末までにやっておくことは「領収書と記録を集める」「家族分をまとめる」「10万円を超えそうか見積もる」の3つです。

なぜ年末調整では医療費控除を受けられないの？

年末調整は、毎月の給与から天引きされた所得税と、1年間に本来納めるべき所得税との差を、勤務先が精算するしくみです。保険料控除などは会社に書類を出せば反映されますが、医療費控除は年末調整の書類に書く欄がありません。

国税庁の「還付申告」の説明でも、給与所得者が還付申告できる例として「多額の医療費を支出したとき（医療費控除）」が挙げられています（国税庁 タックスアンサー No.2030「還付申告」より）。つまり会社員の場合は、年末調整はいつもどおり会社で済ませ、医療費控除だけを自分で申告するという流れになります。

なお、同じ医療費控除でも、確定申告の基本的な手順は「医療費控除で薬代が戻ってくる！確定申告の超基本5ステップ」で詳しく紹介しています。

控除される金額の計算

医療費控除の金額は、次の式で計算します（国税庁 タックスアンサー No.1120「医療費を支払ったとき（医療費控除）」より）。

• 対象期間：その年の1月1日から12月31日までに支払った医療費。12月に受診して翌年1月に支払った分は翌年分になります。
• 10万円の基準：総所得金額等が200万円未満の人は、10万円ではなく「総所得金額等の5％」が基準になります。
• 家族の分：自分と生計を一にする（家計が同じ）配偶者や親族のために支払った医療費も合算できます。
• 補てんされる金額：民間保険の入院費給付金や、健康保険の高額療養費・出産育児一時金など、医療費を埋め合わせるお金は差し引きます。

高額療養費として後から戻ってきた分を差し引き忘れるのは、よくあるミスです。高額療養費の申請そのものについては高額療養費の申請期限と2年遡及の記事もあわせてご覧ください。

対象になるもの・ならないもの

薬局でよく聞かれるものを中心に、国税庁 タックスアンサー No.1122「医療費控除の対象となる医療費」の記載をもとに整理しました。

市販薬を多く買う人は、医療費控除のかわりに「セルフメディケーション税制」を選べる場合があります（通常の医療費控除との選択制で、両方は同時に使えません。国税庁 No.1120より）。違いはセルフメディケーション税制の記事で解説しています。

時期別・医療費控除の準備チェックリスト

年末調整の時期をきっかけに、次の流れで準備しておくと、翌年の申告がスムーズです。

申告を忘れていたら：5年間さかのぼれる

還付申告は、その年の翌年1月1日から5年間提出できます（国税庁 タックスアンサー No.2030「還付申告」より）。「去年も一昨年も医療費が多かったのに申告していなかった」という場合でも、5年以内の年の分であれば、今から申告できる可能性があります。領収書や医療費通知が残っているか、まず確認してみてください。

ふるさと納税をしている人は、医療費控除の申告とあわせて手続きを確認しておくと安心です。注意点はふるさと納税と医療費控除の記事で解説しています。